本處隸屬於臺北市政府交通局,為本府二級機關,置處長、副處長、主任秘書、專門委員各1人,下設5科4室,預算員額143人,組織架構圖如下:
處本部(預算員額數:9人):包含處長、副處長、主任秘書、專門委員、秘書、科員、助理員、技工及工友共9人。
本處各單位職掌(預算員額數)如下:
一、綜合規劃科(預算員額數:18人):負責本市公共運輸綜合規劃、場站規劃與設置及票證管理等有關事項。
二、大眾運輸科(預算員額數:22人):負責本市市區汽車客運營運管理及運價初審等有關事項。
三、 一般運輸科(預算員額數:27人):負責計程車、纜車、載客小船營運管理及其運價初審或核備等有關事項。
四、業務稽查科(預算員額數:21人):負責公共運輸行車業務稽查、行車事故統計分析、服務指標評鑑與獎懲核定、違反運輸相關法規裁罰及行政救濟等有關事項。
五、智慧運輸科(預算員額數:12人):負責公共運輸業務相關資訊系統規劃、執行、管理及資訊業務發展等事項。
六、秘書室(預算員額數:23人):負責文書、檔案、出納、總務、財產之管理與公關、研考業務及不屬於其他各單位事項。
七、會計室(預算員額數:6人):負責歲計、會計及統計業務。
八、人事室(預算員額數:3人):負責人事業務。
九、政風室(預算員額數:2人):負責政風業務。